Το μικρό χωριό, σμιλεμένο από πέτρα και μέσα σε ένα υπέροχο φυσικό τοπίο θα σας εκπλήξει και θα σας κάνει να απορήσετε γιατί δεν είχατε ακούσει μέχρι τώρα για αυτό.
Το χωριό είναι ιδανικό για μια κυριακάτικη βόλτα, μιας και συνδυάζει την εγγύτητα στο Ηράκλειο και την πληθώρα αξιοθέατων. Ουσιαστικά ο Άγιος Θωμάς απλώνεται ανάμεσα σε δύο λόφους. Στο λόφο της Γριάς Μάντρας και τον λόφο Καβαλάρη.
Στους πρόποδες του λόφου της Γριάς Μάντρας υπάρχει ανδριάντας του ήρωα της περιοχής Λόγιου που αποτέλεσε φόβο και τρόμο των Τούρκων. Από εδώ ξεκινάει ένα πανέμορφο πέτρινο μονοπάτι κάτω από τη σκιά πανύψηλων δέντρων που οδηγεί στην κορυφή του λόφου. Λίγο πριν φτάσετε στην κορυφή θα συναντήσετε τους ρωμαϊκούς τάφους. Πρόκειται για 6 τάφους της ρωμαϊκής περιόδου οι οποίοι είναι λαξευμένοι μέσα σε βράχους. Οι εικόνες εδώ είναι εντυπωσιακές και θα μείνουν χαραγμένες στη μνήμη σας, μιας και δεν είναι συνηθισμένες στην Κρήτη. Κάποιοι βράχοι έχουν γείρει από παλιότερο σεισμό, και η εικόνα τους είναι ακόμη πιο περίεργη μιας και οι είσοδοι των τάφων κοιτάζουν προς το έδαφος. Συνεχίζοντας προς την κορυφή του λόφου, συναντάμε το γραφικό εκκλησάκι του Αφέντη Χριστού (του Σωτήρος για τους εκτός Κρήτης), ενώ η θέα του χωριού από εδώ ψηλά προς τον απέναντι λόφο με τα σπίτια με τις κόκκινες σκεπές στα πόδια του, κόβει την ανάσα.
Λίγο μετά τον Άγιο Ιωάσαφ, συναντάμε τον ναό της Κεράς της Σπηλιώτισσας. Φυσικά κι αυτός μέσα σε βράχο. Εδώ οι αρχαίοι λάτρευαν χθόνιες θεότητες πριν την έλευση του χριστιανισμού και η παράδοση θέλει την είσοδο του Άδη να βρίσκεται στο ιερό του σπηλαιώδους ναού.
Από μια επίσκεψη στον Άγιο Θωμά δεν γίνεται να λείπει το προσκύνημα στο πανέμορφο εκκλησάκι της Παναγίας της Καρδιώτισσας. Λίγο έξω λοιπόν από το χωριό βρίσκεται αυτός ο μικρός ναός μέσα σε ένα τοπίο εκπληκτικής ομορφιάς και δίπλα στον ποταμό Αξεδιανό. Πίσω από το ιερό του ναού υπάρχει σκάλα που οδηγεί σε μικρό εξώστη από όπου κάποιος μπορεί να θαυμάσει το χειμώνα τους μικρούς καταρράκτες που δημιουργούνται. Τα παιδιά σίγουρα θα χαρούν βλέποντας τα παγώνια που μεγαλώνουν εδώ. Ο χώρος της Παναγίας της Καρδιώτισσας είναι ιδανική επιλογή για πικ νικ είτε στα τραπέζια που υπάρχουν στο μικρό οίκισμα δίπλα στον ναό είτε κάτω από τον αιωνόβιο δρυ.